生物信息学笔记

生物信息学笔记 一共收录文章80篇, 一共有8页, 每页显示10
生信课程目录

公共数据数据库名称官网包含的数据fastq下载方式处理后的数据ENCODEencodeproject.org GTExgtexportal.org cBioPortalcbioportal.o....

2023-08-08 20:06:50 PUBLISHED

MetAMOS:一个模块化、开源的宏基因组组装和分析管道

Abstract我们描述了MetAMOS,一个开源和模块化宏基因组组装和分析管道。MetAMOS代表着迈向全自动宏基因组分析的重要一步,从下一代测序读数开始,生产基因组支架、开放阅读框架和分类或功能注....

2023-06-24 12:55:10 PUBLISHED

MOCAT2:宏基因组组装、注释和分析框架

AbstractSummary: MOCAT2是一个用于宏基因组序列组装和基因预测的软件管道,具有分类和功能丰度分析的新功能。通过从涵盖各种功能类别的18个数据库中传播预先计算的分配,自动生成和高效注....

2023-06-18 17:47:05 PUBLISHED

taxonomic profiles

Marker or Binning....

2023-06-05 10:40:20 PUBLISHED

基因突变的分子机制

等位基因An allele is one of two or more versions of DNA sequence (a single base or a segment of bases) a....

2023-03-30 22:05:13 PUBLISHED

KEGG数据库

K00844Entry K00844: The KEGG ORTHOLOGY (KO) database is a collection of manually defined ortholog gr....

2023-03-08 12:17:06 PUBLISHED

序列比较

在线双序列比对工具gap open罚分小gap extend罚分大,gap分散出现,因为gap extend的代价更大gap open罚分大gap extend罚分小,gap出现集中,因为gap op....

2023-03-04 20:25:47 PUBLISHED

reads去重复

RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复call SNP一般去重复万事无绝对,还需参考起始量和PCR扩增数判断是否去重复。reads mapping覆盖均匀度可以判断是否需要去重复。PCR....

2023-03-21 22:55:56 PUBLISHED

lncRNA生物信息数据分析流程初探(一)

2022-11-29 12:14:45 MODIFY

基于纳米孔(Nanopore)长读长宏基因组学揭示海边受纳水环境中耐药基因的富集机制

摘要该工作利用第三代纳米孔测序技术(Nanopore Technology),对污水厂出水受纳水体中的耐药基因及其细菌宿主携带者的进行快速检测,并且自主开发了一个快速检测耐药基因和细菌宿主的宏基因组学....

2022-11-11 13:49:07 PUBLISHED