生信课程目录

最后发布时间:2023-08-08 20:06:50 浏览量:

公共数据

编号	内容	简介
	转录组概述	转录组设计、应用、批次效应等
	转录组分析流程简介	基于/不基于比对的分析流程讲演
	Salmon定量实战	不基于比对直接定量基因和转录本的表达
	差异基因分析	DESeq2多组差异基因分析、热图、火山图
	GO富集分析和可视化	泡泡图、热图、网络图、弦图
	GSEA富集分析和可视化	分组和时间序列GSEA
	二代三代测序原理介绍	建库测序过程及注意事项
	原始数据比对回基因组	STAR比对和定量
	基于count的差异基因	批次效应鉴定和移除
	基因组浏览器数据可视化	IGV呈现reeads比对、峰图、Sashimiplot
	转录本拼装StringTie	可变剪接分析rMATS
	WGCNA基因加权共表达	网络分析和性状关联
	非编码lncRNA鉴定	ceRNA分析 (miRNA-lncRNA-gene调控)
	无参转录组分析	Trinity组装 eggnog注释
	转录调控分析	转录调控网络
	Marker基因鉴定	PCA，随机森林

https://mp.weixin.qq.com/s/5ZEuII6ccJZZFdCsj6f3kA

https://mp.weixin.qq.com/s/z_ITXwxGFUgbmQ1A3O3RAQ

编号	内容	简介
	宏基因组有参质控	FastQC、Trimmomatic、 MultiQC、KneadData质控
	物种和功能组成	MetaPhlAn2物种组成、HUMAnN2功能组成、功能关联驱动物种
	物种和功能差异比较和可视化	GraPhlAn、LEfSe、STAMP、R语言统计
	网络绘制	基础、igraph、Gephi
	物种注释和可视化	Kraken、Kraken2、GraPhlAn、Krona、microbiomeViz、metacoder
	拼接、基因注释和定量	MEGAHIT、metaSPAdes、QUAST、Prokka、cd-hit、Salmon
	基因功能注释	KEEG、COG/EggNOG、CAZy/dbcan2、ARDB/Resfams/CARD、Uniref、VFDB、TCDB
	分箱Binning	理论、MetaWRAP、VizBin、antiSMASH生物合成基因簇
	细菌基因组进化	Bins提取保守基因、多基因进化树、一文读懂进化树 Evolview基础进阶 iTOL美化进阶

http://www.ehbio.com/Bio_demo_2/fore/#/?pageName=CourseDetails&ID=56

临床基因组数据分析平台搭建 (操作系统与软件);
基因组与外显子组学研究概述;
测序与数据预处理;
经典文章思路与图表解读;
全基因组比对与短变异 (SNV & InDel)检测;
数据库详解 (OMIM, ClinVar, 1000G, ExAC/gnomAD, MalaCards/GeneCards, SWISS-MODEL/AlphaFold);
变异注释和过滤, 变异有害性预测 (SIFT, PolyPhen, CADD, RVIS);
通路和表型富集分析 (GO, KEGG, Reactome, DisGeNET, Human Phenotype Ontology, OMIM Disease等);
蛋白-蛋白互作网络分析;
Sanger测序拼接及峰图绘制, 多序列比对与保守性分析;
突变对蛋白修饰 (磷酸化和糖基化)的影响预测, 突变所在蛋白结构域或保守区预测;
突变对蛋白三维结构影响 (表面电荷, 化学键, 空间位阻, 亲疏水性和残基位置等);
CNV分析，家系分析及ACMG变异评级。

编号	内容	简介
	基因组与外显子组学研究概述	基本概念, 发展史, 常用技术适用范围
	测序与数据预处理	NGS, MultiQC, 移除接头和低质量碱基, Trim Galore
	经典文章思路与图表解读 (一)	文献解读, 多篇文章研究思路, 图表在文章中的意义和解读
	全基因组比对与短变异 (SNV & InDel)检测	BWA, GATK, Samtools和Vcftools等
	相关数据库详解	OMIM, ClinVar, gnomAD, 1000G和AlphaFold等
	变异注释, 过滤, 有害性及致病性预测	SnpEff变异注释, gnomAD和1000G人群频率过滤, SIFT, Polyphen, CADD和RVIS变异有害性预测, ClinVar/ClinGen, OMIM和Orphanet变异致病性。
	变异统计与绘图	GO/KEGG/Reactome通路富集, OMIM Disease, DisGeNET, ClinVar和Human Phenotype Ontology疾病或表型富集, 蛋白组织特异性表达富集, PPI网络, 变异热图, Circles图绘制
	家系分析	新发 (De novo)突变, 隐性复合杂合变异分析
	蛋白质生物学概述	生物分子的强, 弱相互作用及种类, 蛋白结构和功能基础, 酶的功能原理, 结构域, 磷酸化等翻译后修饰原理, 蛋白互作的意义
	序列拼接、比对和蛋白质结构预测	Sanger序列拼接, 测序峰图, 多序列比对, 突变对蛋白修饰(磷酸化和糖基化)的影响预测, 结构域预测, 突变对蛋白三维结构影响, 突变对蛋白表面电荷, 化学键, 空间位阻, 亲疏水性的影响

https://mp.weixin.qq.com/s/ochxflko3NSB-2KnHyzkxw

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