| 数据库名称 | 官网 | 包含的数据 | fastq下载方式 | 处理后的数据 |
|---|---|---|---|---|
| ENCODE | encodeproject.org | |||
| GTEx | gtexportal.org | |||
| cBioPortal | cbioportal.org | |||
| TCGA | portal.gdc.cancer.gov | |||
| ICGC | dcc.icgc.org |
| 编号 | 内容 | 简介 |
|---|---|---|
| 转录组概述 | 转录组设计、应用、批次效应等 | |
| 转录组分析流程简介 | 基于/不基于比对的分析流程讲演 | |
| Salmon定量实战 | 不基于比对直接定量基因和转录本的表达 | |
| 差异基因分析 | DESeq2多组差异基因分析、热图、火山图 | |
| GO富集分析和可视化 | 泡泡图、热图、网络图、弦图 | |
| GSEA富集分析和可视化 | 分组和时间序列GSEA | |
| 二代三代测序原理介绍 | 建库测序过程及注意事项 | |
| 原始数据比对回基因组 | STAR比对和定量 | |
| 基于count的差异基因 | 批次效应鉴定和移除 | |
| 基因组浏览器数据可视化 | IGV呈现reeads比对、峰图、Sashimiplot | |
| 转录本拼装StringTie | 可变剪接分析rMATS | |
| WGCNA基因加权共表达 | 网络分析和性状关联 | |
| 非编码lncRNA鉴定 | ceRNA分析 (miRNA-lncRNA-gene调控) | |
| 无参转录组分析 | Trinity组装 eggnog注释 | |
| 转录调控分析 | 转录调控网络 | |
| Marker基因鉴定 | PCA，随机森林 | |
| 编号 | 内容 | 简介 |
|---|---|---|
| CellRanger使用介绍 | ||
| Seurat使用介绍 | ||
| Monocle | 拟时分析，拟时相关基因鉴定 | |
| scVelo | velocyto分析非剪切与剪切counts | |
| CellChat细胞互作分析 | ||
| SCENIC转录因子调控网络分析 | 共表达网络推断，转录因子结合motif分析 | |
| Immunarch单细胞免疫组库分析 | VDJ基因使用分析 |
| 编号 | 内容 | 简介 |
|---|---|---|
| 宏基因组有参质控 | FastQC、Trimmomatic、 MultiQC、KneadData质控 | |
| 物种和功能组成 | MetaPhlAn2物种组成、HUMAnN2功能组成、功能关联驱动物种 | |
| 物种和功能差异比较和可视化 | GraPhlAn、LEfSe、STAMP、R语言统计 | |
| 网络绘制 | 基础、igraph、Gephi | |
| 物种注释和可视化 | Kraken、Kraken2、GraPhlAn、Krona、microbiomeViz、metacoder | |
| 拼接、基因注释和定量 | MEGAHIT、metaSPAdes、QUAST、Prokka、cd-hit、Salmon | |
| 基因功能注释 | KEEG、COG/EggNOG、CAZy/dbcan2、ARDB/Resfams/CARD、Uniref、VFDB、TCDB | |
| 分箱Binning | 理论、MetaWRAP、VizBin、antiSMASH生物合成基因簇 | |
| 细菌基因组进化 | Bins提取保守基因、多基因进化树、 一文读懂进化树 Evolview基础 进阶 iTOL美化 进阶 |
http://www.ehbio.com/Bio_demo_2/fore/#/?pageName=CourseDetails&ID=56
| 编号 | 内容 | 简介 |
|---|---|---|
| 基因组与外显子组学研究概述 | 基本概念, 发展史, 常用技术适用范围 | |
| 测序与数据预处理 | NGS, MultiQC, 移除接头和低质量碱基, Trim Galore | |
| 经典文章思路与图表解读 (一) | 文献解读, 多篇文章研究思路, 图表在文章中的意义和解读 | |
| 全基因组比对与短变异 (SNV & InDel)检测 | BWA, GATK, Samtools和Vcftools等 | |
| 相关数据库详解 | OMIM, ClinVar, gnomAD, 1000G和AlphaFold等 | |
| 变异注释, 过滤, 有害性及致病性预测 | SnpEff变异注释, gnomAD和1000G人群频率过滤, SIFT, Polyphen, CADD和RVIS变异有害性预测, ClinVar/ClinGen, OMIM和Orphanet变异致病性。 | |
| 变异统计与绘图 | GO/KEGG/Reactome通路富集, OMIM Disease, DisGeNET, ClinVar和Human Phenotype Ontology疾病或表型富集, 蛋白组织特异性表达富集, PPI网络, 变异热图, Circles图绘制 | |
| 家系分析 | 新发 (De novo)突变, 隐性复合杂合变异分析 | |
| 蛋白质生物学概述 | 生物分子的强, 弱相互作用及种类, 蛋白结构和功能基础, 酶的功能原理, 结构域, 磷酸化等翻译后修饰原理, 蛋白互作的意义 | |
| 序列拼接、比对和蛋白质结构预测 | Sanger序列拼接, 测序峰图, 多序列比对, 突变对蛋白修饰(磷酸化和糖基化)的影响预测, 结构域预测, 突变对蛋白三维结构影响, 突变对蛋白表面电荷, 化学键, 空间位阻, 亲疏水性的影响 | |
https://mp.weixin.qq.com/s/ochxflko3NSB-2KnHyzkxw