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RNA-seq counts distribution
RNA-Seq中经常需要进行两组间的差异分析，通常我们可以用方差分析判定两组分布数据间是否存在显著差异。原理是，当组间方差大于组内方差（误差效应），并且统计学显著时，则认为组间处理的差异是可以引起差异....
发布于: 2022-06-08 10:50:48 -
RNA-seq: filtering, quality control and visualisation
Library sizes and distribution plotsFiltering to remove lowly expressed genesplot the library sizes ....
发布于: 2022-04-13 14:00:43 -
IGV的使用
开始你的创作:IGV的使用....
发布于: 2022-04-02 11:36:59 -
Mapping RNA-seq Reads with STAR
Output filesLog.out: 主日志文件，包含大量有关运行的详细信息，此文件对于故障排除和调试非常有用。STAR version=2.7.10aSTAR compilation time,....
发布于: 2022-04-02 10:14:43 -
ssGSEA、xCell、cibersort
ssGSEA在免疫中的应用ssGSEA单样本基因富集分析CIBERSORTR 文件中只有22种免疫细胞，不能定制化。ssGSEA其中最明显的特征就是可以高度定制化。根据输入的gmt文件即可对样本数据进....
发布于: 2022-03-25 14:04:04 -
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori de....
发布于: 2022-04-14 11:40:00 -
内生菌基因组导向挖掘
药用植物内生菌所产活性物质及其生物学作用参考药用植物内生菌....
发布于: 2022-03-11 09:16:54 -
系统生物学——富集分析
GO：静态功能群，不要求分析的基因在有直接的相互作用，不需要上下游在一个pathway上（共表达基因）Kegg：需要有上下游的关系String：需要有相互作用....
发布于: 2022-03-09 21:48:23 -
SRA数据下载
判断单双端测序文件layout若是标注了paired，表示是双端测序；layout若是标注了single，表示是单端测序；SRR号代表是仅有一个run的文件。GSM下有两个SRR的run文件，这代表2....
发布于: 2022-03-28 18:03:50 -
单细胞-拟时间分析
单细胞轨迹推断/拟时间分析cell cyclecell differentiatiooncell activation前提假设：细胞相同的表达量，来自同一个lineage拟时间分析方法Dimensio....
发布于: 2022-02-20 11:48:14
生物信息学 一共收录文章80篇，
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