生物信息学笔记

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RNA-seq counts distribution

RNA-Seq中经常需要进行两组间的差异分析,通常我们可以用方差分析判定两组分布数据间是否存在显著差异。原理是,当组间方差大于组内方差(误差效应),并且统计学显著时,则认为组间处理的差异是可以引起差异....

2022-06-08 10:50:48 PUBLISHED

RNA-seq: filtering, quality control and visualisation

Library sizes and distribution plotsFiltering to remove lowly expressed genesplot the library sizes ....

2022-04-13 14:00:43 PUBLISHED

IGV的使用

开始你的创作:IGV的使用....

2022-04-02 11:36:59 PUBLISHED

Mapping RNA-seq Reads with STAR

Output filesLog.out: 主日志文件,包含大量有关运行的详细信息,此文件对于故障排除和调试非常有用。STAR version=2.7.10aSTAR compilation time,....

2022-04-02 10:14:43 MODIFY

ssGSEA、xCell、cibersort

ssGSEA在免疫中的应用ssGSEA单样本基因富集分析CIBERSORTR 文件中只有22种免疫细胞,不能定制化。ssGSEA其中最明显的特征就是可以高度定制化。根据输入的gmt文件即可对样本数据进....

2022-03-25 14:04:04 PUBLISHED

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori de....

2022-04-14 11:40:00 PUBLISHED

内生菌基因组导向挖掘

药用植物内生菌所产活性物质及其生物学作用参考药用植物内生菌....

2022-03-11 09:16:54 PUBLISHED

系统生物学——富集分析

GO:静态功能群,不要求分析的基因在有直接的相互作用,不需要上下游在一个pathway上(共表达基因)Kegg:需要有上下游的关系String:需要有相互作用....

2022-03-09 21:48:23 PUBLISHED

SRA数据下载

判断单双端测序文件layout若是标注了paired,表示是双端测序;layout若是标注了single,表示是单端测序;SRR号代表是仅有一个run的文件。GSM下有两个SRR的run文件,这代表2....

2022-03-28 18:03:50 PUBLISHED

单细胞-拟时间分析

单细胞轨迹推断/拟时间分析cell cyclecell differentiatiooncell activation前提假设:细胞相同的表达量,来自同一个lineage拟时间分析方法Dimensio....

2022-02-20 11:48:14 PUBLISHED