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miRNA生物信息数据分析流程初探(二)
在上篇文章中我们描述了miRNA的基本分析流程，本文中我们将对miRNA分析流程中每一个步骤的输出文件进行解释。软件安装在snakemake流程中可以使用conda去管理需要的软件，详细的命令使用见:....
发布于: 2022-11-11 16:41:02 -
miRNA生物信息数据分析流程初探(一)
snakemake
发布于: 2022-11-10 10:23:30 -
快速计算网络自然连通度评估群落稳定性
从网络图的邻阶矩阵（0、1矩阵，0代表指标间没有边，1代表指标间有边）中删除节点并求剩余矩阵“特征值”被用来表征网络抗毁性，该方法被用在比较不同组的微生物共现网络图的稳定性中。用法为：删除网络图中的1....
发布于: 2022-11-04 09:32:34 -
从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码
https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/118316221gffread....
发布于: 2022-10-17 18:14:36 -
RSEM
构建索引用法：rsem-prepare-reference [options] reference_fasta_file(s) reference_name--gtf指基因组的注释文件，并且rsem将....
发布于: 2022-10-11 15:18:52 -
MultiQC
https://multiqc.info/....
发布于: 2022-10-10 14:35:09 -
De novo transcript sequence reconstruction
Reconstructing the full-length transcriptome from short reads enabling the discovery of novel transc....
发布于: 2022-09-13 08:35:12 -
chromosome-level genome assembly
A chromosome-level draft genome of the grain aphid Sitobion miscanthiDDBJ/ENA/GenBankENAPRJNA532495G....
发布于: 2022-09-13 14:02:32 -
MSigDb enrichment analysis
Molecular Signatures Database is a collection of annotated gene sets. It contains 8 major collection....
发布于: 2022-08-28 12:58:30 -
CellMarker enrichment analysis
Cell Markercell_marker_data <- vroom::vroom('http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/download/....
发布于: 2022-09-09 10:20:50
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