RSEM

最后发布时间:2022-10-11 15:18:52 浏览量:

构建索引

用法:rsem-prepare-reference [options] reference_fasta_file(s) reference_name

--gtf指基因组的注释文件,并且rsem将会使用该注释文件从 reference_fasta_file(s)中提取出转录本;reference_fasta_file(s)为基因组文件;reference_name指定索引的目录以及前缀。

定量

用法: rsem-calculate-expression [options] --alignments [--paired-end] input reference_name sample_name

Input为SAM/BAM/CRAM,也就是在比对后得到的文件;--paired-end指input是双端测序;reference_name指索引文件所在目录和前缀;sample_name为输出文件的前缀;--alignments指输入文件为SAM/BAM/CRAM。