用法：rsem-prepare-reference [options] reference_fasta_file(s) reference_name
--gtf指基因组的注释文件，并且rsem将会使用该注释文件从 reference_fasta_file(s)中提取出转录本；reference_fasta_file(s)为基因组文件；reference_name指定索引的目录以及前缀。
用法： rsem-calculate-expression [options] --alignments [--paired-end] input reference_name sample_name
Input为SAM/BAM/CRAM，也就是在比对后得到的文件；--paired-end指input是双端测序；reference_name指索引文件所在目录和前缀；sample_name为输出文件的前缀；--alignments指输入文件为SAM/BAM/CRAM。