扩增子 思维导图
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扩增子16S下游分析流程

最后发布时间 : 2022-11-04 11:26:14 浏览量 :

经过之前的分析得到去除质体和非细菌的OTU表，并过滤特征表对应序列和特征表对应序列注释

results/otutab.txt
results/otus.fa
results/otus.sintax

otutab.txt

#OTUIDKO1KO2KO3KO4KO5KO6OE1OE2OE3OE4OE5OE6WT1WT2WT3WT4WT5WT6
ASV_1382671282438381390476590500360490357799830567664508519
ASV_26714128637931032631245169414440348239440536267386497424
ASV_3213173369296445308211151372367316242327635357416413274
ASV_4506141181257480178203196134210214129362473196192394290
ASV_818919521514877101132183540300211190230275199356169184
ASV_63022323073094903658995114143134137178191154184158158

otus.fa

>ASV_1
GTAGTCCACGCCGTAAACGGTGGGCGCTAGATGTGGGGACCTTCCACGGTTTCTGCGTCGCAGCTAACGCATTAAGCGCC
CCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTTA
ATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCGGAAAACTCGCAGAGATGCGGGGTCCTTTTGGGCCGG
TGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCT
ATGTTGCCAGCACGCCCTTCGGGGTGGTGGGGACTCATAGGAGACTGCCGGGGTCAACTCGGA
>ASV_2
GTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTGGTTGTTGGGAGGGTTTCTTCTCAGTAACGTAGCTAACGCGTGAAGTTGACC
GCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGTTTAAT
TCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGTCTGGAATCCTGAAGAGATTTGGGAGTGCTCGAAAGAGAGCC
AGAACACAGGTGCTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGT
CATTAGTTGCTACGAAAGGGCACTCTAATGAGACTGCCGGTGACAAACCGGA

otus.sintax

ASV_1d:Bacteria(1.00),p:Actinobacteria(1.00),c:Actinobacteria(1.00),o:Streptosporangiales(0.85),f:Thermomonosporaceae(0.80),g:Actinocorallia(0.48)+d:Bacteria,p:Actinobacteria,c:Actinobacteria,o:Streptosporangiales,f:Thermomonosporaceae,g:Actinocorallia
ASV_2d:Bacteria(1.00),p:Proteobacteria(1.00),c:Betaproteobacteria(1.00),o:Burkholderiales(1.00),f:Comamonadaceae(1.00),g:Pelomonas(1.00)+d:Bacteria,p:Proteobacteria,c:Betaproteobacteria,o:Burkholderiales,f:Comamonadaceae,g:Pelomonas
ASV_3d:Bacteria(1.00),p:Proteobacteria(1.00),c:Betaproteobacteria(1.00),o:Burkholderiales(1.00),f:Comamonadaceae(1.00),g:Rhizobacter(0.92)+d:Bacteria,p:Proteobacteria,c:Betaproteobacteria,o:Burkholderiales,f:Comamonadaceae,g:Rhizobacter
ASV_4d:Bacteria(1.00),p:Proteobacteria(1.00),c:Betaproteobacteria(1.00),o:Burkholderiales(1.00),f:Comamonadaceae(1.00),g:Rhizobacter(1.00)+d:Bacteria,p:Proteobacteria,c:Betaproteobacteria,o:Burkholderiales,f:Comamonadaceae,g:Rhizobacter
ASV_8d:Bacteria(1.00),p:Actinobacteria(1.00),c:Actinobacteria(1.00),o:Streptomycetales(1.00),f:Streptomycetaceae(1.00),g:Streptomyces(0.99)+d:Bacteria,p:Actinobacteria,c:Actinobacteria,o:Streptomycetales,f:Streptomycetaceae,g:Streptomyces
ASV_6d:Bacteria(1.00),p:Proteobacteria(1.00),c:Betaproteobacteria(1.00),o:Burkholderiales(1.00),f:Comamonadaceae(0.93),g:Piscinibacter(0.28)+d:Bacteria,p:Proteobacteria,c:Betaproteobacteria,o:Burkholderiales,f:Comamonadaceae,g:Piscinibacter
ASV_7d:Bacteria(1.00),p:Bacteroidetes(1.00),c:Flavobacteriia(1.00),o:Flavobacteriales(1.00),f:Flavobacteriaceae(1.00),g:Flavobacterium(1.00)+d:Bacteria,p:Bacteroidetes,c:Flavobacteriia,o:Flavobacteriales,f:Flavobacteriaceae,g:Flavobacterium
物种注释分类汇总 等量抽样标准化