特征表构建

OTU和ASV统称为特征(Feature)，它们的区别是：
OTU通常按97%聚类后挑选最高丰度或中心的代表性序列；
ASV是基于序列进行去噪(排除或校正错误序列，并挑选丰度较高的可信序列)作为代表性序列

filtered.fa

cat  results/raw/filtered.fa   |less -S
>KO1.1
GTAGTCCACGCCCTAAACGATGTGTGCTGGGCGTCGGGGGGCTTGCCCCTCGGTGCCGGAGCCAACGCGGTAAGCACACC
GCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTTAAT
TCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCGGAAAACTCGCAGAGATGCGGGGTCCTTTTGGGCCGGTG
ACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCTAT
GTTGCCAGCACGCCCTTCGGGGTGGTGGGGACTCATAGGAGACTGCCGGGGTCAACTCGG
>KO1.2
GTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATGCTAGCCGTTGGCCGGTTTACCGGTCAGTGGCGCAGCTAACGCTTTAAGCATCCC
GCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTCAAT
TCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAGCTCTTGACATGTCTCGTATGGGTTTCAGAGATGAGACCCTTCAGTTCGGCTGG
CGAGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTC
GCCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTCTAAAGGGACTGCCGGTGATAAGCCGCGA

otus.fa

>ASV_1
GTAGTCCACGCCGTAAACGGTGGGCGCTAGATGTGGGGACCTTCCACGGTTTCTGCGTCGCAGCTAACGCATTAAGCGCC
CCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTTA
ATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCGGAAAACTCGCAGAGATGCGGGGTCCTTTTGGGCCGG
TGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCT
ATGTTGCCAGCACGCCCTTCGGGGTGGTGGGGACTCATAGGAGACTGCCGGGGTCAACTCGGA
>ASV_2
GTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTGGTTGTTGGGAGGGTTTCTTCTCAGTAACGTAGCTAACGCGTGAAGTTGACC
GCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGTTTAAT
TCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGTCTGGAATCCTGAAGAGATTTGGGAGTGCTCGAAAGAGAGCC
AGAACACAGGTGCTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGT
CATTAGTTGCTACGAAAGGGCACTCTAATGAGACTGCCGGTGACAAACCGGA

usearch生成特征表

小样本(小于30)快；但大样本受限且多线程效率低，83.2%,4核17s

usearch -otutab temp/filtered.fa \
-otus result/raw/otus.fa \
-threads 4 \
-otutabout result/raw/otutab.txt

vsearch生成特征表

mkdir -p results/matrix
vsearch --usearch_global results/raw/filtered.fa \
    --db results/raw/otus.fa \
    --id 0.97 --threads 4 \
    --otutabout results/matrix/otutab.txt 

otutab.txt