Rscript script/compare.R \
    --input results/otutab.txt --design data/metadata.txt \
    --group Group --compare "KO-WT" --threshold 0.1 \
    --method edgeR --pvalue 0.05 --fdr 0.2 \
    --output results/compare/

KO-WT.txt

ID	log2FC	log2CPM	PValue	FDR	level	MeanA	MeanB	KO1	KO2	KO3	KO4	KO5	KO6	WT1	WT2	WT3	WT4	WT5	WT6
ASV_111	-1.989	11.002	7.02361314832557e-06	0.00115187255632539	Depleted	0.048	0.194	0.079	0.048	0.052	0.046	0.022	0.04	0.222	0.294	0.192	0.249	0.142	0.064
ASV_6	0.966	14.885	1.69931029653765e-05	0.00139343444316087	Enriched	2.607	1.36	2.665	1.868	2.288	2.349	3.554	2.915	1.409	1.477	1.285	1.476	1.244	1.271
ASV_72	1.221	12.138	0.00037192159067453	0.020331713623541	Enriched	0.396	0.171	0.353	0.201	0.328	0.631	0.29	0.575	0.142	0.178	0.125	0.225	0.197	0.161
ASV_38	1.018	13.06	0.00053201617181832	0.0218126630445512	Enriched	0.736	0.366	0.759	0.451	0.447	0.798	0.827	1.134	0.364	0.394	0.275	0.417	0.409	0.338
ASV_147	1.21	11.144	0.0008471096494071	0.0277851965005532	Enriched	0.187	0.081	0.247	0.177	0.164	0.167	0.181	0.184	0.079	0.147	0.05	0.056	0.039	0.113
ASV_146	-1.308	11.003	0.00145432547576994	0.0350184329059697	Depleted	0.069	0.175	0.106	0.016	0.097	0.076	0.029	0.088	0.103	0.201	0.2	0.249	0.15	0.145

Beta多样性功能预测分析