物种注释分类汇总

OTU对应物种注释2列格式：去除sintax中置信值，只保留物种注释，替换:为_，删除引号
这里的文件otus.sintax是去除质体和非细菌后，过滤得到的

cut -f 1,4 results/文件otus.sintax是 \
    |sed 's/\td/\tk/;s/:/__/g;s/,/;/g;s/"//g' \
    > results/taxonomy2.txt

OTU对应物种8列格式：注意注释是非整齐

生成物种表格OTU/ASV中空白补齐为Unassigned

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{delete a; a["k"]="Unassigned";a["p"]="Unassigned";a["c"]="Unassigned";a["o"]="Unassigned";a["f"]="Unassigned";a["g"]="Unassigned";a["s"]="Unassigned";\
    split($2,x,";");for(i in x){split(x[i],b,"__");a[b[1]]=b[2];} \
    print $1,a["k"],a["p"],a["c"],a["o"],a["f"],a["g"],a["s"];}' \
    results/taxonomy2.txt > results/matrix/otus.tax

sed 's/;/\t/g;s/.__//g;' results/matrix/otus.tax|cut -f 1-8 | \
    sed '1 s/^/OTUID\tKingdom\tPhylum\tClass\tOrder\tFamily\tGenus\tSpecies\n/' \
    > results/taxonomy.txt

taxonomy.txt

统计门纲目科属，使用 rank参数 p c o f g，为phylum, class, order, family, genus缩写
界（Kingdom）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）

mkdir -p results/tax
for i in p c o f g;do
    usearch -sintax_summary results/otus.sintax \
    -otutabin results/otutab_rare.txt -rank ${i} \
    -output results/tax/sum_${i}.txt
done
sed -i 's/(//g;s/)//g;s/\"//g;s/\#//g;s/\/Chloroplast//g' results/tax/sum_*.txt

sum_p.txt

sum_g.txt