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去嵌合

最后发布时间 : 2023-04-01 10:39:36 浏览量 :

嵌合体序列由来自两条或者多条模板链的序列组成,如图所示,在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列。而实际上嵌合体在正常生物体中是基本不存在的,所以在扩增子测序的分析中,需要去除嵌合体序列。

不推荐,容易引起假阴性,因为参考数据库无丰度信息,
而de novo时要求亲本丰度为嵌合体16倍以上防止假阴性
因为已知序列不会被去除,数据库选择越大越合理,假阴性率最低

vsearch+rdp去嵌合(基于参考去嵌合)

可自行下载silva并解压(替换rdp_16s_v18.fa为silva_16s_v123.fa),极慢但理论上更好

vsearch --uchime_ref temp/otus.fa \
	-db ${db}/usearch/rdp_16s_v18.fa \
	--nonchimeras result/raw/otus.fa
 sed -i 's/\r//g' result/raw/otus.fa

也可以不去嵌合进行后续分析