微生物扩增子数据库和软件

最后发布时间 : 2022-11-12 16:16:20 浏览量 :

QIIME分析流程；2010发表在Nature Method上，被引8579次，是目前比较主流的分析方法，而且持续的维护和创新，目前正在开发QIIME2。
mothur，2009年发表目前被引用7448次，比较早接触扩增子的人都喜欢它。
Usearch，2010年发表在Bioinformatics，目前引用5556次；原来只是一个小小的高速序列聚类和比对软件，目前被作者开发成了扩增子分析流程，其中的关于序列聚类的算法UPARSE由作者单枪匹马发表在Nature method上，被引1691次；其实QIIME的聚类和比对默认都是使用此软件，核心算法是目前的主流；推荐使用。
vsearch

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