下游质控

rnaseq multiQC

转录组分析multiQC的报告

QualiMap

qualimap

qualimap \
    --java-mem-size=6G \
    rnaseq \
    -bam 220613-128.sorted.bam \
    -gtf chr1.gtf \
    -p non-strand-specific \
    -pe \
    -outdir 220613-128

工具的详细使用见QualiMap

reads基因组来源的统计

将mapping 的 reads 分类为来自外显子、内含子或基因间区域的reads