开源版nf-tower安装

nf-tower是由 Seqera 实验室开发的用于 Nextflow 工作流的监控和管理平台。包括开源版和和收费版。其中开源版代码上的最近一次更新时间是3年前。鉴于官方不维护开源版本并且功能有限，这里我将源码重新push在一个新的仓库BioinfoFungi/nf-tower。

运行后端java api

git clone git@github.com:BioinfoFungi/nf-tower.git
 ./gradlew tower-backend:run --continuous

git checkout simple
export TOWER_ACCESS_TOKEN=30acfacf5ca5a5217e4f06cb669abd50a1598177
export TOWER_WORKFLOW_ID=hi

http://localhost:8000/#/watch/hi

运行前端angular web程序

使用docker node进行js打包

下载源代码

git clone git@github.com:BioinfoFungi/tower-web.git

拉取特定版本的node镜像

docker pull  node:12.0.0-alpine

打开容器的交互式界面

docker run --rm -it -p 8000:8000  -v D:\Downloads\tower-web:/mnt node:12.0.0-alpine  sh

使用npm编译

cd /mnt
npm config set registry https://registry.npm.taobao.org
npm install

构建docker镜像

创建网络

docker network create  backend

查看网络

docker network ls

(base) wy@wy-desktop:~/workspace/nf-tower$  docker network ls
NETWORK ID     NAME      DRIVER    SCOPE
19bab0485998   backend   bridge    local
cc6641045ff0   bridge    bridge    local
4fecd2a1306f   host      host      local
e63b5cf905ca   none      null      local

构建镜像

docker build -t tower-web:latest tower-web/

运行容器

 docker run  --network backend  --hostname backend  --rm  -p 8082:80 tower-web:latest 

Docker 容器构建

./gradlew assemble

docker run --network=host -v $PWD:/mnt  -it adoptopenjdk/openjdk11  bash

cd /mnt/tower-backend/build/distributions/tower-backend-20.06.0/bin

项目结构

后端项目使用了grails框架