使用conda环境

全局配置

conda.enabled = true

也可以使用环境变量NXF_CONDA_ENABLED=true，或者在参数中指定-with-conda true

使用包的名称

process foo {
  conda 'bwa samtools multiqc'

  '''
  your_command --here
  '''
}

指定软件包的版本bwa=0.7.15
也可以指定channel bioconda::bwa=0.7.15

使用环境文件

my-env.yaml

name: my-env
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - star=2.5.4a
  - bwa=0.7.15

使用my-env.yaml环境

process foo {
  conda '/some/path/my-env.yaml'

  '''
  your_command --here
  '''
}

使用存在的环境

process foo {
  conda '/path/to/an/existing/env/directory'

  '''
  your_command --here
  '''
}

使用mamba

https://www.nextflow.io/docs/latest/conda.html#