生信流程管理


  1. nextflow基本概念
  2. nextflow编译打包原理
  3. nextflow配置
  4. 使用conda环境
  5. 开源版nf-tower安装
  6. 在slurm上运行nextflow
  7. nextflow cache
  8. nf-core快速开发流程
  9. Tracing & visualisation
  10. 使用docker环境
  11. 在流程的设计、流程参数
  12. sarek
  13. nextflow kafka 消息订阅、监控
  14. nextflow api
  15. nextflow spark
  16. 基于nextflow设计云流程
  17. nextflow plugin
  18. nextflow for web
  19. Parameter schema
  20. nextflow存储
  21. nextflow scm源码
  22. nextflow flux容器
  23. nextflow slurm 容器
  24. Fusion 文件系
  25. Executors
  26. Directives errorStrategy
  27. nextflow log
  28. nextflow 扩展
  29. snakemake生信流程库
  30. cromwell

学习资料

nextflow使用的并发和并行编程的开源框架是gpars,而cromwell使用的并发和分布式处理框架是akka
Gpars:Gpars 是一个用于并行编程的 Groovy 库。它提供了一组用于并发、并行和异步编程的 API,以简化并行任务的创建和管理。Gpars 支持多线程、并行集合、数据流等概念,并提供了 Groovy DSL(领域特定语言)来描述并行任务。Gpars 可以与 Groovy 或 Java 一起使用。

Akka:Akka 是一个用于构建高并发、分布式和可容错应用的工具包。它基于 Actor 模型,通过消息传递实现并发和并行处理。Akka 提供了一个轻量级、可扩展的并发编程框架,用于编写并行任务和系统。它支持在单个计算节点或分布式环境中创建和管理 Actor,提供了容错机制、监督策略和路由等功能。

虽然 Gpars 和 Akka 都用于并发和并行编程,但它们在实现方式和语言支持方面有一些区别。Gpars 主要是为 Groovy 提供的并发库,而 Akka 则是一个独立的框架,可以与多种编程语言(如 Java、Scala 和 Kotlin)一起使用。

具体选择使用 Gpars 还是 Akka 取决于你的需求和偏好。如果你正在使用 Groovy 并希望在该语言中进行并行编程,那么 Gpars 可能是一个不错的选择。如果你需要构建分布式系统或更加通用的并发框架,那么 Akka 可能更适合。

https://www.nextflow.io/nfcamp/2019/program.html

nf-core/rnaseqtest-datasets-rnaseqnextflow on hpcbasic_training