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HRC.r1-1.GRCh37.chr20.shapeit3.mac5.aa.genotypes.bcf 与 HRC.r1-1.GRCh38.chr1.shapeit3.mac5.aa.genotypes.msav 的区别 Reference Panel 的 Phasing 和 Imputation 必须选择一样吗 都是HRC或 1000G 吗 , 位点列表只能用 HRC.r1-1.GRCh37.wgs.mac5.sites.tab.gz 吗没有对应的1000G
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minimac4 结束后得到 23个文件,后续 gwas分析如何操作需要合成一个文件吗,需要格式转换吗
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细解释 GT 的 0|0 这个位点的REF 和ALT 是 A G 为什么表示 REF/REF A/A ,为什么说是 phasing 过的 ,GP代表 A/A A/G G/G 等位基因出现的概率吗 DS 为什么 DS = 0×P(0/0) +1×P(0/1) +2×P(1/1) 这样计算
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Annovar
Annovar
最后发布时间 :
2023-03-31 13:47:19
浏览量 :
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Variant Annotation
SnpEff
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