双序列比对

学习资料

• 双序列全局比对
• 双序列局部比对
• 在线双序列比对工具

双序列比对算法

经典进行双序列比对的算法包括：Needleman-Wunsch(双序列全局比对)和Smith-Waterman(局部序列比对)。这两个算法的详细介绍可以观看mooc上山东大学《生物信息学》课程中的视频双序列全局比对和双序列局部比对。

我们可以使用 在线双序列比对工具输入下面的序列测试局部序列比对工具

>Seq1
MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVKNELIPNLEK
EDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYEFYFAHHNLF
HENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWANLRAAIN
>Seq2
MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMKTTQLEWPKDRRKCGLFWANLRAAIN

运行结果如下

gap open和gap extend参数

gap open指打开一个空位的罚分，gap extend指延长空位罚分

局部比对默认情况下gap open罚分大gap extend罚分小，如下图所示

更改参数让gap open罚分大，gap extend罚分小，如下图所示