双序列比对
最后发布时间 : 2023-07-22 19:15:17
浏览量 :
学习资料
双序列比对算法
经典进行双序列比对的算法包括：Needleman-Wunsch(双序列全局比对)和Smith-Waterman(局部序列比对)。这两个算法的详细介绍可以观看mooc上山东大学《生物信息学》课程中的视频双序列全局比对和双序列局部比对。
我们可以使用 在线双序列比对工具输入下面的序列测试局部序列比对工具
>Seq1
MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVKNELIPNLEK
EDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYEFYFAHHNLF
HENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWANLRAAIN
>Seq2
MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMKTTQLEWPKDRRKCGLFWANLRAAIN
运行结果如下
gap open和gap extend参数
gap open指打开一个空位的罚分，gap extend指延长空位罚分
局部比对默认情况下gap open罚分大gap extend罚分小，如下图所示
更改参数让gap open罚分大，gap extend罚分小，如下图所示
