one vs one

Alignment

• 通常指低通量的比对，强调两条序列比对的情况；
• 双序列比对：pairwise alignment;
  • Needleman-Wunsch(双序列全局比对)
  • Smith-Waterman(局部序列比对)
• 多序列比对：multiple sequence alignment

one vs many

blast

many vs one

Mapping

• 通常指高通量测序结果回溯基因组的位置，强调回溯的动作；
• 序列比对：reads mapping

BWT算法

比对软件时间线

• bowtie提高了短序列mapping到基因组的速度，但是不支持gap。
• 在测序双端150的长度时，很容易测序得到indel。使用bowtie就不能贴回去，bowtie2支持gap。
• bwa mem 可以mapping更长的reads（三代测序的reads）

测试数据

• https://github.com/BioinfoFungi/reads_mapping
• DNA测序算法
• bilibili DNA测序算法

HISAT2 summary stats:
	Total pairs: 32617089
		Aligned concordantly or discordantly 0 time: 8741165 (26.80%)
		Aligned concordantly 1 time: 21568529 (66.13%)
		Aligned concordantly >1 times: 1367753 (4.19%)
		Aligned discordantly 1 time: 939642 (2.88%)
	Total unpaired reads: 17482330
		Aligned 0 time: 10036571 (57.41%)
		Aligned 1 time: 6761396 (38.68%)
		Aligned >1 times: 684363 (3.91%)
	Overall alignment rate: 84.61%

fastp:
reads passed filters:	65.234178 M (97.655265%)
32617089*2=65234178

#!/bin/bash                                                                                                                                    

if [ "$#" -ne 1 ]; then
  echo -e "Incorrect number of parameters! Usage:\n    index-gtf.sh <file.gtf(.gz)>" >&2
  exit 1
fi

gtf="$1"

if [[ $gtf =~ \.gz$ ]]; then
  output=${gtf%.gtf.gz}.sorted.gtf.gz
  zcat $gtf | awk '!( $0 ~ /^#/ )' | sort --parallel=4 -S4G -k1,1 -k4,4n | bgzip -c > $output
else
  output=${gtf%.gtf}.sorted.gtf.gz
  cat $gtf | awk '!( $0 ~ /^#/ )' | sort --parallel=4 -S4G -k1,1 -k4,4n | bgzip -c > $output
fi
tabix $output

cat Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.104.gtf  | awk '!( $0 ~ /^#/ )' | sort --parallel=4 -S4G -k1,1 -k4,4n | >   Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.104.sorted.gtf
bgzip  Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.104.sorted.gtf 
tabix  Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.104.sorted.gtf