基于参考基因组对 Scaffolds进行排序

最后发布时间 : 2025-04-10 08:31:52 浏览量 :

Mauve Contig Mover (MCM) 可用于相对于相关参考基因组排序基因组草图(draft genome)。Mauve Contig Mover 可以通过根据参考基因组排序草图 Contig 来简化草图和参考序列之间的比较研究。在许多情况下，草案中与参考文献相关的真正的重新排列可以被识别出来。重排序序列的质量受到序列之间的距离的限制，这表现为两个生物体之间共享的基因含量的数量。一个更远的参考通常会产生较少的有序的基因组序列，也可能导致错误的草图序列的位置。除了对重叠序列进行排序之外，MCM 还将它们定位在最可能的方向上，并且，如果在输入文件中指定了带注释的序列特征 (例如，使用 GenBank 格式输入草稿) ，MCM 将输出特征的调整后的坐标范围。