Variant calling

bcftools的作用是什么？

Bcftools are a set of utilities for variant calling and manipulating VCFs and BCFs.

bcftools mpileup的作用是干什么呢？官方的解释是：

生成包含一个或多个比对（BAM或CRAM）文件的基因型似然的VCF或BCF文件。这基于原始的samtools mpileup命令（使用-v或-g选项）生成VCF或BCF格式的基因型似然（ producing genotype likelihoods in VCF or BCF format），而不是文本格式的堆叠输出。为了避免在mpileup+bcftools调用流程中使用不兼容版本的samtools和bcftools导致的错误，mpileup命令被转移到bcftools中。

因此在使用命令samtools mpileup -v -f EAEC.fna sample1.filtered.bam时samtools会提示：

Note that using "samtools mpileup" to generate BCF or VCF files has been removed. To output these formats, please use "bcftools mpileup" instead.

在samtools的官网查Variant calling的文档时我们经常看到的命令是：

bcftools mpileup \
    -Ou \
    -f EAEC.fna \
    sample1.filtered.bam | \
    bcftools call \
    -mv \
    -Oz \
    -o calls.vcf.gz

或者生成bcf文件

bcftools mpileup \
    -f EAEC.fna \
    sample1.filtered.bam | \
    bcftools call \
    -mv \
    -Ob \
    -o calls.bcf

• -Ou 选项指定输出为未压缩的BCF格式（-Ou）
• -f 选项用于指定参考基因组文件
• -mv 选项指定输出包括变异和非变异位点（-m），以及只输出变异位点（-v）
• -Oz 选项指定输出以gzip格式压缩（-Oz）
• -o 选项用于指定输出文件为 calls.vcf.gz

从官方对bcftools mpileup的描述，该命令已经生成了VCF或BCF格式的文件。那么bcftools call的作用是什么？官方的描述是：

该命令替代了以前的bcftools view调用器。在过渡到htslib的过程中，部分原始功能暂时丢失，但将根据广泛需求重新添加。可以使用-c选项调用原始的调用模型。

什么意思，将这两个命令单独运行，看一看结果差异

bcftools mpileup  -f EAEC.fna sample1.filtered.bam > bcftools_mpileup.vcf
bcftools call bcftools_mpileup.vcf -mv -o bcftools_mpileup.call.vcf