mamba/conda 查看安装目录 修改安装目录

Conda / Mamba 查看安装目录

# 查看 Conda 安装位置
conda info --base

# 查看环境目录
conda info --envs

# 查看 Conda 配置
conda config --show

Mamba 基本兼容：

mamba info

修改环境安装目录

推荐使用 envs_dirs：

# 添加环境目录
conda config --add envs_dirs /data/conda/envs

# 查看
conda config --show envs_dirs

Mamba 同样使用 Conda 的配置：

mamba config --add envs_dirs /data/conda/envs

修改软件包缓存目录

conda config --add pkgs_dirs /data/conda/pkgs

查看：

conda config --show pkgs_dirs

使用环境变量临时指定

export CONDA_ENVS_PATH=/data/conda/envs
export CONDA_PKGS_DIRS=/data/conda/pkgs

总结：

conda 配置环境变量CONDA_ENVS_PATH 后 如何安装 bcftools到这个新的环境中

可以。CONDA_ENVS_PATH 指定的是环境存放目录，设置后新建的 Conda 环境会放到这个目录。

例如：

export CONDA_ENVS_PATH=/data/conda/envs

然后直接创建环境并安装 bcftools：

conda create -n bioinfo bcftools

或者使用 mamba：

mamba create -n bioinfo bcftools

激活：

conda activate bioinfo

检查：

which bcftools
bcftools --version

此时环境通常会位于：

/data/conda/envs/bioinfo/

如果想直接指定 Bioconda

推荐：

mamba create -n bioinfo -c conda-forge -c bioconda bcftools

然后：

conda activate bioinfo

如果你想让 bcftools 安装到一个固定环境

例如：

export CONDA_ENVS_PATH=/data/conda/envs

mamba create -n tools -c conda-forge -c bioconda bcftools

最终：

/data/conda/envs/
└── tools/
    ├── bin/
    │   └── bcftools
    ├── lib/
    └── ...

注意： CONDA_ENVS_PATH 只控制环境的位置，不控制 Conda 下载的 package cache。如果你还希望把下载缓存也放到 /data/conda/pkgs，可以再设置：

export CONDA_PKGS_DIRS=/data/conda/pkgs

所以容器/服务器上常见的配置是：

export CONDA_ENVS_PATH=/data/conda/envs
export CONDA_PKGS_DIRS=/data/conda/pkgs

这样环境和 package cache 都不会占用 $HOME。

conda run -n bio bwa