宏基因组多样性分析

🌱 α 多样性（Alpha Diversity）——“单一样本内的多样性”

• 描述的是一个样本或一个微生物群体内部的多样性。
• 衡量的是样本内部的物种丰富度和均匀度。
• 常用的指标包括：
• 物种丰富度（Species richness）：比如 OTU 数量，有多少种微生物。
• Shannon 指数：考虑了丰富度和均匀度。
• Simpson 指数：更关注优势物种的均匀性。
• Chao1 指数：估算潜在物种数量，偏重稀有物种。

✅ 举例：

如果你有一个肠道微生物样本，α 多样性就是在这个样本里有多少种细菌，它们的分布是否均衡。

🌍 β 多样性（Beta Diversity）——“样本间的多样性差异”

• 描述的是不同样本或群体之间的微生物组成差异。
• 是用来比较多个样本之间微生物群落结构相似或不同程度的。
• 常用的分析方法包括：
• Bray-Curtis 距离
• Unifrac 距离（weighted/unweighted）
• Jaccard 指数
• 主坐标分析（PCoA）、非度量多维尺度分析（NMDS）等可视化方式

✅ 举例：

比较健康人和患病人肠道微生物组之间的差异，β 多样性能告诉你它们的群落结构是否有显著差异。

总结类比（简单记忆）：

如果你在做某个具体项目，也可以告诉我，我可以帮你分析你用哪个多样性指标更合适~