宏基因组


  1. 使用reads鉴定物种丰度
  2. 组装分析
  3. 分箱
  4. 功能分析(HUMAnN)
  5. 耐药基因(抗性基因)
  6. pipleline
  7. 微生物关系
  8. 病原微生物检测
  9. 宏基因组软件
  10. 寻找保守序列
  11. 宏基因组样本中细菌复制率的测定
  12. 数据预处理 Data preprocessing

科学问题

  • 那些宿主相关的基因是可以被肠道菌群调控的,识别肠道菌群的存在或不存在,机制是什么,哪些肠道菌群在这个过程中起到关键作用?
  • 肠道菌群易位引起免疫训练(ref)

数据库

学习资料:

identify novel pathogen-specific genes expressed

“the required sequencing output ranges from 30 to 300 GB per sample” (Liu et al., 2021, p. 317) (pdf)

“16s rRNA gene is too conserved to separate between prokaryotes at finer taxonomic levels” (Lan et al., 2016, p. 1) (pdf)