微生物关系

微生物、代谢、靶基因（gutMGene）

• 数据库：gutMGene
• 文章：gutMGene: a comprehensive database for target genes of gut microbes and microbial metabolites

以代谢物为中心

• 下图正方向代表微生物、圆形代表代谢物、三角形代表靶基因；
• 红色线代表抑制基因的表达，绿色线代表提高基因表达
  

以微生物为中心

可以查看该微生物可以产生那些代谢物，这些代谢物调控那些基因；或者该微生物调控那些基因

以基因为中心

可以查看调控该基因的微生物和代谢物

微生物、疾病（disbiome）

• 数据库：disbiome
• 文章： Disbiome database: linking the microbiome to disease. BMC Microbiol

疾病/干预措施对于肠道菌群失调数据库（gutMDisorder）

• 数据库：gutMDisorder

gutMDisorder数据库记录了从文献中收集的肠道微生物群与疾病或干预措施之间实验验证关联。包括人类579种肠道微生物，与123种疾病和77种干预措施之间的2263种关联；小鼠273种肠道微生物，与33种疾病和151种干预措施之间的930种关联。

肠道菌群与临床药物、营养膳食、环境物质及中草药和疾病

• 数据库：MASI

MASI为基于肠道微生物的疾病发病机制及诊疗相关研究提供极大便利。该数据库整合了Pubmed文献中1,051种临床药物、103种营养膳食、119种中草药、46种益生菌和142种环境物质与806个微生物物种及56种疾病关联性信息，整理了

• 4134条肠道微生物影响药物信息
• 7081条药物影响肠道微生物信息
• 309条膳食影响肠道微生物信息
• 784条肠道微生物与疾病关系
• 以及259个基于18种疾病及健康人群的肠道微生物景观图

微生物、疾病 （Peryton）

• 数据库：peryton
• 文章：Peryton: a manual collection of experimentally supported microbe-disease associations
• 微信

Peryton是一个由实验支持的微生物-疾病协会的新资源，目前拥有7900多个条目，链接43种疾病和1396种微生物。Peryton的内容完全由生物医学文章的手动策展来维持。重要的是，疾病和微生物是以系统、标准化的方式提供的，使用参考资源创建数据库词典。关于实验设计、研究队列和应用的高通量或低吞吐量技术的信息都经过了精心注释，并迎合了用户。