Mauve:通过重排实现保守基因组序列的多重比对
随着基因组的进化，它们会经历大规模的进化过程，这对短序列所不构成的序列比较提出了挑战。重组导致频繁的基因组重排，水平转移将新序列引入细菌染色体，以及缺失则去除基因组片段。因此，每个基因组都是独特的谱系特异性片段的马赛克，与其他基因组子集共享的区域，以及在所有所考虑的基因组中保守的片段。此外，这些片段的线性顺序可以在基因组之间随机排列。我们提出了在重排和水平转移存在的情况下鉴定和比对保守基因组 DNA 的方法。我们的方法已在名为 Mauve 的软件包中实现。Mauve 已被用于对齐 9 个肠杆菌基因组并确定 3 个哺乳动物基因组的整体重排结构。我们评估了 Mauve 比对的质量，并通过对基因组进化的广泛模拟与其他方法进行了比较。
提出了在重排和水平转移存在的情况下鉴定和比对保守基因组 DNA 的方法