宏基因组
- 使用reads鉴定物种丰度
- 组装分析
- 分箱
- 功能分析(HUMAnN)
- 耐药基因(抗性基因)
- pipleline
- 微生物关系
- 病原微生物检测
- 宏基因组软件
- 寻找保守序列
- 宏基因组样本中细菌复制率的测定
- 数据预处理 Data preprocessing
- 英国医生爱德华·琴纳(Edward Zinner，1749-1823)于1796年发现牛痘疫苗;
- 法国微生物学家费利克斯·德赫雷尔(Felixd'Herelle，1873-1949)于1917年发现噬菌体;
- 英国微生物学家亚历山大·弗莱明(Alexander Fleming，1881-1955)于1921年发现了溶菌酶，1928年发现青霉素。
- 新药物：疫苗、微生态制剂和噬菌体
- 噬菌体靶向耐药细菌：http://www.varms.cn
- 噬菌体治疗存在的问题：噬菌体制剂药代动力学不理想，肝和脾的网状内皮系统细胞能快速清除血液中噬菌体颗粒，这导致血液中噬菌体半衰期很短。
- 当前，最有希望的非抗生素抗菌药是能特异性杀死细菌的裂解性噬菌体。
- 裂解性噬菌体：T4噬菌体感染大肠杆菌，编码裂解酶，直接破坏宿主细胞壁。
- 吸附->注入DNA->合成病毒组分->组装->裂解宿主
- 溶源性噬菌体：\lambda噬菌体感染大肠杆菌。
- 吸附->注入DNA->整合宿主基因->随宿主分裂传递->条件触发后进入裂解周期。
- 噬菌体及其裂解酶作为抗菌剂
科学问题
- 那些宿主相关的基因是可以被肠道菌群调控的，识别肠道菌群的存在或不存在，机制是什么，哪些肠道菌群在这个过程中起到关键作用？
- 肠道菌群易位引起免疫训练(ref)
数据库
- Species-level genome bins (SGBs) from the human microbiome，这里有4,930个SGB，也就是4903个fasta文件
学习资料：
- biovcnet.github.io
- astrobiomike.github.io
- blast 实战
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/239935/
identify novel pathogen-specific genes expressed
“the required sequencing output ranges from 30 to 300 GB per sample” (Liu et al., 2021, p. 317) (pdf)
“16s rRNA gene is too conserved to separate between prokaryotes at finer taxonomic levels” (Lan et al., 2016, p. 1) (pdf)