表观遗传学——相关技术发展

TF结合位点的鉴定与histone mark的鉴定

• 从ChIP-chip到ChIP-seq
• DamID技术
• CUT&RUN,CUT&Tag and in situ ChIP

染色质可及性技术

• MNase-seq,DNase-seq,FAIRE-seq and ATAC-seq

三维基因组测定技术

• Hi-C

甲基化测定的经典技术

• BS-seq

染色质的可及性

• FAIRE-seq没有被蛋白质结合的区域在上清液中
• MNase-seq测序的是与蛋白质结合的序列

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David C. Klein & Sarah J. Hainer, Chromosome Res, 2020

固定DNA和蛋白质的结合

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David C. Klein & Sarah J. Hainer, Chromosome Res, 2020

DNase-seq与ATAC-seq捕获的都是染色体上open region
MNase-seq捕获得到核小体的位置

Chip-seq

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Terrence S. Furey, Nat Rev Genetics, 2012

ChIP-seq最大的缺点: 依赖特定抗体，不一定有好用的抗体!

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应用DamID鉴定LAD

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ChIP-seq的另一缺点， 需要大量的细胞起始进行测序文库制备(~10E6)

• 基于Tn5的改进
• CUT&Tag,in situ ChIP

CUT&Tag/CUT&Tag

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Hatice S. Kaya-Okur et al., Nat Protocol, 2020

染色质结构

3C技术

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2002, Job Dekker et al., Science

Hi-C

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Suhas S.P. Rao et al. Cell, 2014

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Jesse R. Dixon et al., Nature, 2012