微生物文章思路

用于分类的宏基因组学工具基准

宏基因组测序正在彻底改变微生物物种的检测和表征，各种各样的软件工具可用于对这些数据进行分类。这些工具的快速发展和宏基因组数据的复杂性使得研究人员能够对其性能进行基准测试变得非常重要。在这里，我们回顾了....

2023-06-07 10:13:29 PUBLISHED

Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类

AbstractKraken是一个为宏基因组DNA序列分配taxonomic labels的超快且高度准确的程序。以前为这项任务设计的程序相对缓慢，计算成本高昂，迫使研究人员使用更快的丰度估计程序，这....

2023-07-09 19:23:41 PUBLISHED

微生物组数据的扩增子和宏基因组分析实用指南

ABSTRACT高通量测序（HTS）的进展促进了微生物组研究领域的快速发展，目前正在生成大量的微生物组数据集。然而，软件工具的多样性和分析管道的复杂性使得进入该领域变得困难。在这里，我们系统地总结了微....

2023-06-07 10:14:06 PUBLISHED

多模态表征映射方法来预测分子-疾病关系

随着生物医学数据的大规模增加，预测分子适应症或副作用的计算方法在提高药物发现过程的效率方面具有越来越大的前景。

2023-04-06 09:30:45 PUBLISHED

non-parametric association testing for microbiome data via a zero-inflated quantile approach

文章题目：Powerful and robust non-parametric association testing for microbiome data via a zero-inflated ....

2023-03-16 10:16:48 PUBLISHED

病原微生物检测

病原菌检测主要分为依赖培养和不依赖培养两种方法。前者作为病原菌检测的经典试验，主要依靠培养和生化检测，可提供满足科赫氏法则的能力、药物敏感性和生化检测等关键信息，但耗时较长，且受病原菌可培养性的限制。不依赖培养的方法包括PCR和基于高通量测序的方法。PCR或探针减少了病原菌鉴定的时间，但过度依赖引物的特异性和数量，检测结果易出现假阳性。

2023-02-28 21:19:59 PUBLISHED

机器学习和深度学习在微生物组研究中的应用

我们将在生态系统中与我们息息相关的许多微生物群落统称为微生物组。虽然肉眼不可见，但是微生物组主宰或影响着宏观系统，如人类健康，植物胁迫以及生化循环

2023-02-09 09:34:49 PUBLISHED

综述二三代宏基因组分析的策略和工具

文章题目：Strategies and Tools in illumina & Nanopore-integrated metagenomic analysis of microbiome d....

2023-02-03 09:12:41 PUBLISHED

微生物绝对丰度变化新方法(QMD)

文章题目：QMD: A new method to quantify microbial absolute abundance differences between groups发表杂志：iMeta....

2023-01-16 21:58:23 PUBLISHED

基于神经网络分析肠道菌群的方法

该研究开发了一种结合神经网络和随机森林的框架，从宏基因组数据集鉴定出40个标记物种和90个标记基因，在预测中获得了更高的准确性，本研究提供了一种新的思路来识别疾病相关生物标记物并分析它们在疾病发展中所扮演的角色

2023-01-05 09:45:11 PUBLISHED