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生信资源

最后发布时间:2022-11-10 17:37:36 浏览量:

数据库

免疫学

https://dice-database.org/

ensembl

GEO

biojupies(开源)

  • 源码
  • 差异基因表达分析

ICGC

cBioportal(开源)

TCGA

GTEx

UCSC xena

  • downlaod
  • TCGA和GTEx数据合并的项目
    图片alt

    图片alt

recount2

  • TCGA和GTEx数据合并的项目

broadinstitute

gdac.broadinstitute.org_ESCA.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz

------------------解螺旋预后分析分析数据库------------------

Ualcan

  • 轻松访问公开的癌症OMICS数据（TCGA，MET500和CPTAC）
  • 允许用户识别生物标志物或对感兴趣的潜在基因进行计算机验证
  • 提供描绘编码蛋白，miRNA编码和lincRNA编码基因的表达谱和患者生存信息
  • 通过启动子甲基化评估基因表达的表观遗传调控
  • 进行全癌基因表达分析
  • 通过链接到HPRD，GeneCards，Pubmed，TargetScan，人类蛋白质图谱，DRUGBANK，Open Targets和GTEx，提供有关所选基因/靶标的其他信息

oncolnc

  • 基因和生存相关性

kmplot

  • 肿瘤生存分析

TRGAted(开源)

TANRIC

  • lncRNA在线分析

OncomiR

  • miRNA在线分析

CCLE

  • 癌症细胞百科全书

HPA

  • 人类蛋白质数据库

TCPA

  • 蛋白组学

------------------解螺旋预后分析分析数据库------------------

------------------解螺旋一站式分析数据库------------------

Oncomine

  • 在没有目的基因的时候, 从数据库中筛选出候选分子作为今后的研究方向
  • 在获得靶基因分子后, 利用数据库分析它们在肿瘤中的表达情况, 以及分子表达与临床生存时间, 预后相关性, 为研究目的提供更多依据.
  • help
  • 功能
  • 基因差异表达分析
  • 基因表达与临床相关性分析
  • 生存分析
  • 多基因共表达分析

Gepia

  • 相关 GEPIA2021

  • 北大张泽民教授团队基于UCSC Xena计划的的数据库开发建造的数据库

  • 可对TCGA基因表达谱数据进行动态分析和可视化的网站

  • 功能

  • 查询一个基因在一个或多个肿瘤的表达情况

  • 查询某肿瘤中差异表达的基因

  • 绘制某基因在某肿瘤中的生存曲线,或查询与某肿瘤最相关的100个基因

  • 查询基因的共表达或相似基因

  • 查询基因间相关性

  • 生成可编辑用于发表的图片

MethHC

  • MethHC 是一个人类泛癌甲基化数据库，侧重于人类疾病的 DNA 甲基化
  • 在调控基因的转录过程时，DNA 的甲基化是很重要的一个环节。该数据库整合了诸如 DNA 甲基化、基因表达、microRNA 甲基化、microRNA 表达，以及来自 TCGA 的甲基化和基因表达的相关数据，能在探索基因调控机制上给予我们很大的帮助

LinkedOmics

  • 包括来自所有32种TCGA癌症类型的多组学数据。它还包括由临床蛋白质组学肿瘤分析联合会（CPTAC）生成的基于质谱的蛋白质组学数据，用于TCGA乳腺，结肠直肠和卵巢肿瘤

CancerSEA

TSVDB(开源)

  • 源码
  • 有关可变剪切的

------------------解螺旋一站式分析数据库------------------