网络药理学 - 分子对接

基本概念

• 分子对接是找到底物分子和受体分子的最佳结合位置
  • lock-and-key model (锁钥模型)
  • induced-fit model (诱导契合模型)
    
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分子对接软件

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蛋白结构搜索

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understanding-pdb-data
uniprot

操作步骤

准备蛋白和小分子的pdb文件

• 蛋白可以直接从PDB蛋白数据库获取
  
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remove solvent; remove organic

• 小分子结构获取如下:
  
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将蛋白和小分子的pdb格式转化成pdbqt格式

• 蛋白

  • 加氢
  • 计算电荷
  • 添加原子类型
    
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• 小分子

  • 加氢
  • 计算电荷
  • 确定root(扭矩中心)
  • 选择可以旋转的键
    
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创建GPF文件,生成glg文件和mapping文件

生成对接参数文件DPF和dlg结果文件

分析dlg结果文件, 导出结果并转换成PDB格式

PyMOL

显示氨基酸

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显示氢键

计算距离

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导出图片

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ray 2000
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参考

• http://mgltools.scripps.edu/downloads
• https://pymol.org/2/
• PDB蛋白数据库
• pubchem小分子数据库
• tcmsp
• swisstargetprediction
• 雷公藤红素 抗类风湿性关节炎的作用机制：网络药理学分析
• 发现哮喘治疗新靶标Transgelin-2
• Using AutoDock 4 and AutoDock Vina with AutoDockTools: A Tutorial