• 基本概念
• 分子对接软件
• 蛋白结构搜索
• 操作步骤
  • 准备蛋白和小分子的pdb文件
  • 将蛋白和小分子的pdb格式转化成pdbqt格式
  • 创建GPF文件,生成glg文件和mapping文件
  • 生成对接参数文件DPF和dlg结果文件
  • 分析dlg结果文件, 导出结果并转换成PDB格式
• PyMOL
  • 显示氨基酸
  • 显示氢键
  • 计算距离
  • 导出图片
• 参考

基本概念

• 分子对接是找到底物分子和受体分子的最佳结合位置
  • lock-and-key model (锁钥模型)
  • induced-fit model (诱导契合模型)
    
    

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分子对接软件

蛋白结构搜索

understanding-pdb-data
uniprot

操作步骤

准备蛋白和小分子的pdb文件

• 蛋白可以直接从PDB蛋白数据库获取
  
  

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remove solvent; remove organic

• 小分子结构获取如下:
  
  

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将蛋白和小分子的pdb格式转化成pdbqt格式

• 蛋白

  • 加氢
  • 计算电荷
  • 添加原子类型
    
    

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• 小分子

  • 加氢
  • 计算电荷
  • 确定root(扭矩中心)
  • 选择可以旋转的键
    
    

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创建GPF文件,生成glg文件和mapping文件

生成对接参数文件DPF和dlg结果文件

分析dlg结果文件, 导出结果并转换成PDB格式

PyMOL

显示氨基酸

显示氢键

计算距离

导出图片

ray 2000
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参考

• http://mgltools.scripps.edu/downloads
• https://pymol.org/2/
• PDB蛋白数据库
• pubchem小分子数据库
• tcmsp
• swisstargetprediction
• 雷公藤红素 抗类风湿性关节炎的作用机制：网络药理学分析
• 发现哮喘治疗新靶标Transgelin-2
• Using AutoDock 4 and AutoDock Vina with AutoDockTools: A Tutorial