WGBS(全基因组甲基化测序)数据分析

https://github.com/wangyang1749/yeast_data.git

酵母数据介绍

1. 数据来自文章：In vivo targeting of de novo DNA methylation by histone modifications in yeast and mouse
2. 该文章包括RAN-Seq数据、ChIP-Seq、DNA甲基化测序数据
3. 背景：在酵母中没有DNA甲基化，该文章将DNA甲基化酶引入酵母。即转基因后，酵母基因组包含了基因甲基化，研究DNA甲基化影响表观遗传的状态。
4. 本文介绍全基因组甲基化数据的处理流程

关于DNA甲基化

DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团

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DNA Methylation 的研究方法
全基因组DNA甲基化测序（Whole-genome bisulfite sequencing，WGBS）
其原理是用 Bisulfite 处理DNA序列，首先将基因组中未发生甲基化的 C 碱基转换成 U（T），从而与原本具有甲基化修饰的 碱基C区分开来，然后进行PCR扩增，结合高通量测序技术，适用于全基因组 范围内绘制单碱基分辨率的DNA 甲基化图谱。

如下图所示，没有甲基化的Cytosine经过Bisulfite处理变成Thymine；有甲基化的Cytosine经过Bisulfite处理变成Cytosine。

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3-letter alignment of Bisulfite-Seq reads
将参考基因组的C转换为T，同时也将reads的C也转换为T。此时相当于基因组只有3个碱基。比对之后在再将reads恢复到之前的序列。可以使用bismark进行比对。

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参考：

• https://zhuanlan.zhihu.com/p/89401281