非编码miRNA、lncRNA、circRNA研究思路

microRNA分类

非编码RNA类型

• 经典的ncRNA
  • ribosomal RNA (rRNA)
  • transfer RNA (tRNA)
  • small nuclear RNA (snRNA)
  • small nucleolar (snoRNA)
  • telomere-associated RNA (TERC, TERRA)
• 小的ncRNA
  • micRNA (miRNA)
  • Piwi-associated RNAs (piRNA)
  • small endogenous interfering RNAs (endo-siRNA)
• long non-coding RNA(>200nt)
• 环形RNA
  
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  反向剪接形成环形RNA
  
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  环形RNA的功能
  
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  circRNA分析工具
  
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  circRNA 数据库
  
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非编码RNA概述

• 非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA），指不被翻译成蛋白质的一类RNA。这些RNA大多数参与蛋白质翻译的过程，是RNA实现功能的关键分子。

mirRNA研究思路

简介

• 内源性
• 非编码
• 长度为19到25个碱基
• 单链
• 小分子RNA

体内成熟过程

miRNA的成熟过程

抑制蛋白翻译：wd检测蛋白水平降低，qPCR检测mRNA水平不变
降解mRNA：wd检测蛋白水平降低，qPCR检测mRNA水平降低

种子区域

miRNA种子序列与靶基因结合评价预测结果

主要研究思路

• 筛选miRNA：通过疾病模型筛选出有差异的miRNA分子
• 确定miRNA：miRNA的功能验证，与疾病的关系
• miRNA靶基因的预测：双荧光验证
• 靶基因功能验证：靶基因敲低、过表达，做功能实验。验证疾病、miRNA、基因通路的机制。miRNA抑制基因的某些功能，影响疾病的发生发展。

案例分析

miR-30b/30d regulation of GalNAc transferases enhances invasion and immunosuppression during metastasis

miR-30b / 30d调节GalNAc转移酶可增强转移过程中的侵袭和免疫抑制

piRNA

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30371818/

研究工具

学习笔记来源