肠道微生物基因组及其配对分离株揭示了益生菌和心脏代谢效应

• Gut microbial genomes with paired isolates from China illustrate probiotic and cardiometabolic effects

背景

来自中国的肠道微生物基因组(Gut microbial genomes)及其配对分离(paired isolates)株揭示了益生菌(probiotic)和心脏代谢(cardiometabolic)效应

亮点

• 101,060 个组装体(assemblies)与来自中国肠道宏基因组的 1,376 个分离株配对(isolates)
• 相对于全球数据库, 987个新物种提高了可比对率(mappability)
• 微生物基因组具有区域特异性(regional specificity)，并与宿主表型(host phenotypes)相关
• 分离菌(isolates)潜在的益生菌(probiotic)和心脏代谢(cardiometabolic)作用在小鼠身上得到验证

数据

• 2234个样本
• 每个样本
  • reads数: 6500万（paired reads）
  • 碱基数: 20G
• 一共292,550 个MAG
  • 101,060 个MAG符合MIMAG标准
  • 44,875 个 MAG 的完整性≥50% ，污染率 <5%为中等质量
  • 56,185 个 MAG 的完整性≥90% ，污染率 <5%是高质量
  • 中位完整性为 88.28% ，中位污染率为 0.98%
• 3,707 个MAG 种代表性原核生物物种
• 987个新物种
• 成功分离出共 1,376 株菌株
• 6 个门和 26 个属的 69 个物种