热图 (Heat map) 可以在微生物组研究中展示展示细菌功能聚类分析的结果,而环状热图是热图的一种表现形式。本期我们挑选2022年6月13日刊登在iMeta上的Microbial community roles and chemical mechanisms in the parasitic development of Orobanche cumana- iMeta等揭示菌群对寄生植物列当的调控作用,选择文章的Figure 2B进行复现,基于顾祖光博士开发的circlize包,讲解和探讨环形热图的绘制方法,先上原图[1]:
circlize
原始教程链接:https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221116circlize
# 检查开发者工具devtools,如没有则安装 if (!require("devtools")) install.packages("devtools") # 加载开发者工具devtools library(devtools) # 检查circlize包,没有则通过github安装最新版 if (!require("circlize")) install_github("jokergoo/circlize") if (!require("tidyverse")) install.packages('tidyverse') if (!require("ComplexHeatmap")) install.packages('ComplexHeatmap') if (!require("tidyverse")) install.packages('tidyverse') # 加载包 library(circlize) library(tidyverse) library(ComplexHeatmap) library(gridBase)
https://mp.weixin.qq.com/s/vQEFBVXxP_adglo8BqYwLA