circlize绘制环状热图展示细菌功能聚类分析

最后发布时间:2023-02-18 19:55:37 浏览量:

热图 (Heat map) 可以在微生物组研究中展示展示细菌功能聚类分析的结果,而环状热图是热图的一种表现形式。本期我们挑选2022年6月13日刊登在iMeta上的Microbial community roles and chemical mechanisms in the parasitic development of Orobanche cumana- iMeta等揭示菌群对寄生植物列当的调控作用,选择文章的Figure 2B进行复现,基于顾祖光博士开发的circlize包,讲解和探讨环形热图的绘制方法,先上原图[1]

原始教程链接:https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221116circlize

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安装核心R包circlize以及一些功能辅助性R包,并载入所有R包。

# 检查开发者工具devtools,如没有则安装
if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")
# 加载开发者工具devtools
library(devtools)
# 检查circlize包,没有则通过github安装最新版
if (!require("circlize"))
  install_github("jokergoo/circlize")
if (!require("tidyverse"))
  install.packages('tidyverse') 
if (!require("ComplexHeatmap"))
  install.packages('ComplexHeatmap') 
if (!require("tidyverse"))
  install.packages('tidyverse') 
# 加载包
library(circlize)
library(tidyverse)
library(ComplexHeatmap)
library(gridBase)

  1. https://mp.weixin.qq.com/s/vQEFBVXxP_adglo8BqYwLA