10X单细胞分析流程

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cellranger

输入文件：

[Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz
s20190405WTECP3_S1_L001_R1_001.fastq.gz s20190405WTECP3_S1_L001_R2_001.fastq.gz

输出文件

possorted_genome_bam.bam：比对文件
possorted_genome_bam.bam.bai：索引文件
filtered_gene_bc_matrices：重要目录包含 barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，是Seurat等下游分析的输入文件

命令

cellranger count --id=s20190405WTECP3_outs \ #输出文件夹
--transcriptome=~/lustre1/Software/cellranger/refdata-cellranger-GRC #参考基因组文件夹
--fastqs=/gpfs1/project/EC10X/run/ #输入文件的文件夹
--sample=s20190405WTECP3 \ #输入文件的前缀
--localmem=120 \ #内存
--localcores=24 #核