单细胞

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1. 单细胞学习资源
   1. 单细胞软件安装
   2. 单细胞数据集
2. 单细胞数据集成
3. 空间转录组学习资源
4. 单细胞降维聚类参数选择
   1. scran
5. 细胞类型鉴定
   1. cellassign
   2. 单细胞分类器
6. 细胞比例
7. 差异基因表达分析
   1. seurat差异基因表达分析
   2. monocle2差异基因表达分析
8. 单细胞轨迹推断/拟时间分析 Trajectory inference/pseudotime analysis
   1. slingshot
   2. monocle2轨迹分析
   3. RNA velocity
9. 基因调控网络分析 gene regulatory network
   1. SCENIC-R安装及运行
   2. 运行SCENIC-Python
10. 细胞互作分析 cell–cell interactions and communication
    1. 利用CellChat进行细胞间通信的推断与分析
    2. CellPhoneDB
11. 拷贝数变异分析Copy Number Variation
12. 10x genomics

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