基因调控网络相关文献

Spatiotemporal single-cell regulatory atlas reveals neural crest lineage diversification and cellular function during tooth morphogenesis

基因调控网络决定了小鼠臼齿形态发生过程中牙齿间充质的谱系发育
GRN在控制细胞命运指定和分化方面发挥关键作用。为了揭示牙齿间充质谱系发育的机制，我们应用SCENIC工作流程来识别细胞类型特异性调节子（regulons），以全面重建牙齿间充质中的GRN。

当牙乳头和牙囊谱系分离时，我们首先在E14.5发现了牙间充质中的细胞类型特异性调节子（regulons），我们发现几个转录因子家族参与了这两个不同的谱系。

例如，包括Creb1、Creb3和Creb5的Creb家族成员与牙囊相关，而Elf家族成员如Elf1、Elf2和Elf4与牙乳头相关。E14.5处突出显示的调节子揭示了预测的转录因子（TF）和相应的靶基因在相同的细胞结构域中表达，这表明在牙乳头和牙囊中富集的GRN对于这些群体的细胞命运决定是独特和重要的。

为了研究在E16.5时维持小鼠臼齿中牙间充质细胞群同一性的机制，我们在这一阶段对牙齿间充质进行了调节子分析。

我们发现，与先前的发现一致，几个转录因子家族，如Dlx家族成员Dlx2和Dlx5，在牙乳头细胞群中高度富集。而Klf家族成员，如Klf4和Klf11，在牙囊群体中高度富集。共表达的TF和靶基因揭示的GRN表明，它们参与调节E16.5小鼠磨牙的牙间充质谱系发育。