Diffusion Component Analysis

所有 T 细胞的可视化使用前3个扩散成分(2个无信息成分表示孤立的集群被删除)。每个点代表一个细胞，通过集群着色，并通过组织类型插入(左);骨髓细胞在巨噬细胞活化、 pDC 和单核细胞活化扩散成分上的投射，通过cluster着色(右)^[1]

我们使用扩散映射（diffusion maps）作为一种非线性降维技术来寻找细胞间变异的主要非线性成分。我们使用 Charlotte Python软件包分别计算每种细胞类型的扩散分量，该软件包实现了 Coifman 等人(2005)中描述的扩散映射。