Diffusion Component Analysis

最后发布时间:2022-12-04 21:29:34 浏览量:

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所有 T 细胞的可视化使用前3个扩散成分(2个无信息成分表示孤立的集群被删除)。每个点代表一个细胞,通过集群着色,并通过组织类型插入(左);骨髓细胞在巨噬细胞活化、 pDC 和单核细胞活化扩散成分上的投射,通过cluster着色(右)[1]

我们使用扩散映射(diffusion maps)作为一种非线性降维技术来寻找细胞间变异的主要非线性成分。我们使用 Charlotte Python软件包分别计算每种细胞类型的扩散分量,该软件包实现了 Coifman 等人(2005)中描述的扩散映射。


  1. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment

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