肠道微生态由三部分组成，分别是肠道菌群、肠黏膜上皮上皮组织和肠道免疫系统，它们共同组成了肠道的黏膜屏障。
肠道微生态对宿主固有免疫和获得性免疫的建立起到重要作用。肠道微生态紊乱可能与自身免疫性疾病密切相关，包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎等。多数研究表明，肠道菌群分泌的小分子物质可通过黏膜表面的转运体或内吞作用进入细胞，激活一系列与细胞生存相关的细胞通路。如细胞膜表面转运体相关蛋白的基因异常表达与结肠癌、炎症性肠病等的发生密切相关。
Toll样受体（Toll-like receptors,TLRs）属于固有免疫系统的模式识别受体，正常情况下TLRs识别细菌的脂多糖（LPS）和鞭毛、病毒和核酸及真菌的酵母聚糖等外界抗原，如TLRs7识别单链RNA、TLRs9识别双链DNA、TLRs4识别脂多糖。自发生发中心的B细胞和滤泡Th细胞合成高亲和力的自身抗体，自发生发中心的形成受到B细胞表达固有TLRs7和TLRs9的调控。系统性红斑狼疮患者的TLRs7、TLRs9表达水平增加，且与IL-6、INF-\gamma、及TNF-\alpha等疾病严重程度相关的炎性因子水平相关。
UC患者与健康人肠道菌群的差异主要表现在肠道中的优势菌种（如双歧杆菌属、乳酸杆菌属等）数量降低，条件致病菌（如肠球菌、肠杆菌等）过度增多。
益生菌对固有免疫具有调节作用