Precision identification of diverse bloodstream pathogens in the gut microbiome
关键词
- 造血细胞移植 hematopoietic cell transplantation (HCT)
- 血流感染 bloodstream infections (BSIs)
- 优势菌株 dominant strain
highlight
- 肠道微生物的原发性BSI通常是由于肠道微生物通过受损的胃肠道屏障转移到血液中而引起的
- 比较HCT患者肠道和血液中的细菌菌株更好地了解该人群中BSI的起源
- 研究宏基因组和BSI菌株之间的相关性
科学问题及假设
- 肠道微生物中存在BSI生物？
- BSI生物在感染前，是否以更高的相对丰度存在于肠道中？
工具
- StrainSifter 接受参考的组装细菌草图基因组和两个或多个短读数据集（分离物或宏基因组）作为输入，并可以报告输入样本的系统发育树以及成对的SNV计数。(Tamburini et al., 2018, p. 7) (pdf)
- StrainSifter 用于检测短读数据集中是否存在足够丰度的生物体，并输出样本之间的系统发育树和单核苷酸变异（SNV）计数。
- 尽管StrainSifter可以精确地识别基因组和宏基因组之间的共享变异，但它仅限于分析群落中给定生物体的优势菌株。(Tamburini et al., 2018, p. 5) (pdf)
样本概述
研究路径
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