MA-plot的作用是为了展示两个值几乎相等的变量（x和y）之间的关系MA-plot应用在Microarray和RNA-seq中鉴定差异基因时（基本假设，绝大多数gene不发生表达量的变化），进行质量控制MA-plot本质是散点图，x轴表示两个样品（treatment-control）的几何平均数，就是基因表达量从高到低；y轴表示两个样品的fold-change。每一个点代表一个基因，理论上绝大多数基因的fold-change应该在0附近（control和treatment的绝大多数基因是没有表达差异的）。
R语言绘制MAplot
图片alt
res <- data.frame(
baseMean = apply(normlized_counts, 1, function(t){(log2(mean(t[4:5])) +log2(mean(t[1:3])))/2}),
log2FoldChange = apply(normlized_counts, 1, function(t){ log2(mean(t[4:5])) -log2(mean(t[1:3]))})
)
head(res)
plot(res$baseMean,res$log2FoldChange,ylim=c(-2,2),type="p")
abline(h = 0, col = "red")
参考：
https://www.jianshu.com/p/cdfac0bfb733?clicktime=1578727786
https://b23.tv/Zl3Xxi