1、使用NCBI(National Center for Biotechnology Information)在线构建,选择“Taxonomy”,点击“Search”。
2、点击“Common Tree”。
3、输入物种名,英文学名或拉丁名均可,点击“Add”添加物种。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/tree/?taxon=562
Escherichia coli
bar with branchEscherichia coli 1-176-05_S1_C1
bar with branchEscherichia coli 0.1288
branchEscherichia coli 0.1304
4、勾选“include unrank”,保存为“phylip tree”格式,下载进化树。
(
'Escherichia coli 1-176-05_S1_C1':4,
'Escherichia coli 0.1288':4,
'Escherichia coli 0.1304':4
)'Escherichia coli':4;
5、将下载的文件上传iTOL网站(Interactive Tree Of Life)美化。