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• Pathogen Detection Help Document

NCBI病原体检测集成了来自众多正在进行的监测和研究工作的细菌和真菌病原体基因组序列，其来源包括食品、水源或生产设施等环境来源以及患者样本。食源性、医院获得性和其他临床传染性病原体都包括在内。

该系统提供两个主要的自动实时分析功能：

• 快速聚类相关的病原体基因组序列，以识别潜在的传播链，帮助公共卫生科学家调查疾病爆发情况。
• 作为国家抗生素耐药性微生物数据库（NDARO）的一部分，NCBI使用AMRFinderPlus对基因组序列进行筛查，以识别细菌基因组中的抗菌药物抵抗性、应激响应和毒力基因，这使科学家能够追踪抵抗基因的传播并了解抗菌药物抵抗性、应激响应和毒力之间的关系。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/tree/#Escherichia_coli_Shigella/PDG000000004.4085/PDS000000613.22?accessions=PDT000399799.2