即时定量PCR（Real-Time Quantitative PCR）：量化不同样本DNA的原始浓度。

上图中横坐标代表PCR的次数，纵坐标代表荧光强度。原始样本中DNA浓度高，则需要最短的循环次数就可以到达某一个荧光强度。
通过设定荧光强度的阈值，通过循环次数即可反推原始DNA的浓度，循环次数越多，原始DNA的浓度越小。

通过对经典PCR扩增反应中，每一个循环产物荧光信号的实时检测，我们可以实现对起始模板的定量分析，这就是Real-Time Quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction。通过正确设定引物和探针，qRT-PCR可以在很大范围内定量的检测目标转录本的拷贝数，也就是其表达水平。被作为转录组分析中的金标准。然而qRT-PCR技术一次只能测定一个转录本，并且需要事先知道待检测转录本的序列，难以用来发现未知的转录本。

深度测序技术的出现，使得研究人员，可以在全转录组水平利用测序技术，同时进行定量与定性分析。具体来说，RNA-seq首先将样本中的RNA反转录成cDNA，再将cDNA打断成较小片段后上机测序