EVEX在线查询数据库(http://evexdb.org/)是一款以基因为检索对象,以PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据的文本挖掘(text mining)数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心,因此条理非常清晰,大家来感受下:

以小鼠Oct4基因为例,想知道与Oct4相互作用的基因有哪些?只需在EVEX上搜索到小鼠Oct4基因。

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点开之后即进入检索结果,可以看到有四类基因:

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以第一类为例,点开之后可以看到具体的被Oct4调节的基因,以及Confidence最高的支持这一调节关系的原文。

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以Oct4调节Nanog为例,点击Show more之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。

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此外,EVEX数据库还可以同时检索两个基因,这将显示这两个基因之间的调节关系。以小鼠的Oct4和Nanog为例:

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点击Show interactions之后可以看到Oct4和Nanog之间的各种调节关系。可以直接查看,也可以导入Cytoscape绘制调控网络图。(后台回复 cytoscape 可获取对应文章)

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