判断单双端测序文件

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layout若是标注了paired,表示是双端测序;layout若是标注了single,表示是单端测序;SRR号代表是仅有一个run的文件。

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GSM下有两个SRR的run文件,这代表2个copy,多出来的SRR的run文件可能是因为后面作者对该GSM建立的文库加测数据,每加测一次会单独保存在一个SRR的run文件里面

命令

fasterq-dump -p --split-3 --seq-defline '@$sn[_$rn]/$ri' --qual-defline '+'  SRR15881871/SRR15881871.sra 

参考