Chip-seq

应用

转录因子结合（TF-DNA binding）
组蛋白修饰（Histone modification）

数据分析流程

原始数据QC、序列比对、过滤BAM、peak calling（MACS2）
Chip-seq数据QC（ChIPQC）
ChIP-seq下游分析：差异peak分析，motif分析，相互作用TF分析，注释和功能分析
多组学整合分析

ATAC-seq

应用

核小体位置（Nucleosome positioning）
染色质的可及性（Chromatin accessibility）

数据分析流程

原始数据QC、序列比对、过滤BAM、peak calling（MACS2）
ChIPQC质控
下游分析：差异peak分析、peak注释和功能分析、peaks区域motif分析、预测TF结合和调控网络分析
多组学整合分析